Au même endroit que l’actuel San Pedro de Alcantara, une colonie romaine a été découverte qui avait été détruite par un tremblement de terre au 4ème siècle après JC. Après cela, la zone a été utilisée comme terre agricole pour la région de Marbella, sans résidents. En 1860, une colonie a été fondée par l’homme politique et soldat Manuel de la Concha Irigoyen (connu sous le nom de Marques del Duero). Il était courant à l’époque de nommer les colonies en l’honneur des membres de la famille, c’est pourquoi le fondateur l’a nommée d’après la sainte du nom similaire au nom de sa mère Petrona de Alcantara Irigoyen. Il se trouve que sa fille s’appelait aussi Petra, alors San Pedro de Alcantara offre un double hommage à la famille du fondateur.
