Op dezelfde locatie als het moderne San Pedro de Alcantara is een Romeinse nederzetting gevonden die in de 4e eeuw na Christus door een aardbeving was verwoest. Daarna werd het gebied gebruikt als landbouwgrond voor het gebied van Marbella, zonder bewoners. In 1860 werd een kolonie gesticht door de politicus en soldaat Manuel de la Concha Irigoyen (bekend als Marques del Duero). Het was toen gebruikelijk om kolonies te noemen ter ere van familieleden, dus de oprichter noemde het naar de heilige met dezelfde naam als zijn moeders naam Petrona de Alcantara Irigoyen. Toevallig heette zijn dochter ook Petra, dus San Pedro de Alcantara is een dubbel eerbetoon aan de familie van de oprichter.
