An der gleichen Stelle wie das moderne San Pedro de Alcantara wurde eine römische Siedlung gefunden, die im 4. Jahrhundert n. Chr. durch ein Erdbeben zerstört wurde. Danach wurde das Gebiet als landwirtschaftliches Land für das Gebiet von Marbella ohne Einwohner genutzt. 1860 wurde eine Kolonie von dem Politiker und Soldaten Manuel de la Concha Irigoyen (bekannt als Marques del Duero) gegründet. Damals war es üblich, Kolonien zu Ehren von Familienmitgliedern zu benennen, also benannte der Gründer sie nach der Heiligen mit dem Namen seiner Mutter Petrona de Alcantara Irigoyen. Zufällig hieß seine Tochter auch Petra, San Pedro de Alcantara ist also eine doppelte Hommage an die Familie des Gründers.
